《靈魂相認》的MV故事結構是：
女主角（林玉芬）在路上被男主角（孫耀威）救下，兩人因此相識。然而，女主角卻被當時的惡霸欺負，男主角為了幫她報仇，不惜與惡霸決鬥。這段過程中，男主角受傷，女主角為了救他，不惜犧牲自己的靈魂。男主角在復仇後與女主角一起離開這個城市，兩人因此走過一段奇特的旅程。
然而，MV中還有一段模糊的鏡頭，裡面似乎有一個模糊的人影在背景中。這個鏡頭為整個MV增加了一點神秘的氛圍。
MV的結尾處於隱晦和未解之謎之間，給觀眾留下了很大的想像空間。這樣的結構讓人產生強烈的探知慾望，同時也為歌曲和主題帶來了更深層的意義。