青苗法在實施過程中存在多個弊端，主要包括：
借貸利率過高。青苗法的借貸利率遠高於《周禮》所規定的利息，給農民帶來了沉重的經濟負擔。
執行過程中的濫用職權。在執行過程中，一些地方官員濫用權力，虐待農民，收取過高的稅款，甚至侵占農民的土地，導致社會不穩定。
強制貸款問題。青苗法實施中的抑配弊端，即強行攤派的情況，致使有需要的人無法領取，而不需要的人被強行貸款。
官民勾結問題。隨著青苗法的全國推廣，一些地區出現了官民勾結的情況，導致貧民下戶受到敲剝勒索。
缺乏監督機制。青苗法沒有設定有效的監督機制，確保農民將貸款用於農業生產，導致貸款被用於非農目的。
土地兼併問題加劇。士紳階層的瘋狂圈地導致大量農民失去土地，加劇了土地兼併問題。
農民負擔增加。儘管初衷是減輕農民負擔，但實際執行中引起了農民的牴觸情緒，增加了他們的勞動負擔。
借貸與勞役相關。農民被要求參與勞役，增加了勞動負擔。無論豐歉年景，農民仍需繳納稅款，給生活帶來更大壓力。
改變初衷。青苗法改變了常平倉法防止「穀賤傷農、谷貴傷民」的初衷，影響了農業生產的穩定性。