《風之谷獵人》的故事主角是風之谷的少女娜烏西卡，她是一位擁有特殊能力和天賦的少女，能夠感知並理解蟲蟲們的語言以及思想。她的故事主要圍繞著與王蟲、腐海、暴風族等生物的互動，以及她對整個世界的探索和理解。
故事中，娜烏西卡以她的智慧和勇氣，多次拯救了風之谷和整個國家，使得原本被人們視為災難的菌類世界，變成了大自然的一部分，也為人們帶來了新的生存方式。同時，她也收穫了友情和愛情，與夥伴們一起面對各種挑戰和困境。
此外，《風之谷獵人》的故事還包括了對人類社會、生態平衡、生命意義等問題的探索和思考，如人類與自然的關係、道德倫理、勇氣與信念等。這些主題在故事中得到了深入的探討和表現。