食品中的微生物發揮著多重作用，主要包括：
食品發酵與釀造。許多食品，如乳製品、麵包、紅酒、醬油等，依賴於微生物發酵技術來提升口感和營養價值。例如，優酪乳和乳酪的製作過程中，乳酸菌的發酵可以提升產品的酸度和口感，同時產生一些對人體有益的微生物代謝產物。在啤酒釀造中，酵母發酵可以產生酒精和二氧化碳，同時賦予啤酒獨特的風味和口感。
食品生物防腐。某些微生物，如乳酸菌和黴菌，可以產生具有抗菌作用的代謝產物，如乳酸和有機酸，這些物質可以降低食品的pH值，抑制其他有害微生物的生長，提高食品的保質期。
提升食品營養價值。通過發酵豆類、穀類等農作物，可以增加其蛋白質、纖維和礦物質等營養成分的含量，同時提高其生物利用率。一些微生物發酵過程還可以產生豐富的維生素和胺基酸等營養物質。
生產功能性食品和補充劑。例如，許多益生菌和益生元都是由微生物發酵生產的，它們在維持人體腸道健康方面發揮著重要作用。此外，一些富含蛋白質、胺基酸、多糖等營養成分的微生物發酵產品，如酵母提取物、真菌蛋白等，也可以作為功能性食品或補充劑使用。
食品中微生物的副作用。某些微生物能夠導致食品腐敗和變質，生成惡臭物質和毒素，危及食品安全。
總的來說，食品中的微生物可以用於食品生產、提升營養價值、防腐等方面，同時也可能引起食品變質和腐敗。