食品安全危害分析主要涉及對食品中可能存在的對健康有潛在不良影響的生物、化學或物理因素的識別和評估。這包括但不限於細菌、病毒、寄生蟲等生物性危害，化學性污染如農藥、獸藥和食品添加劑的濫用，以及物理性雜質如玻璃、金屬碎片等。
細菌性危害是由細菌及其毒素引起的，可以引起食品腐敗變質和食源性疾病。常見的致病菌包括沙門氏菌、變形桿菌等。病毒性危害雖然不常見，但一旦發生污染，後果嚴重。此外，還有化學性危害，如化學添加劑的濫用，以及物理性危害，如食品中的異物。
為了控制和減少這些危害，可以採取一系列預防措施，如控制食品加工過程中的溫度和時間、加熱或冷凍食品等。同時，HACCP（危害分析與關鍵控制點）是一個重要的食品安全管理體系，它通過在食品生產、加工過程中識別和評估危害，並採取預防措施，將食品安全危害的風險降到最低。