香菇的保存方法主要取決於其狀態——是新鮮的還是乾的。
以下是新鮮香菇的保存方法：
將新鮮香菇放入透氣的食品袋中，儘量擠出空氣，然後密封，放入冰箱低溫冷藏保存，建議在一週內食用完畢。在保存前，可以用清水沖洗以去除泥沙，但不需要焯水。
使用乾燥的方法，如將香菇放入紙盒中（注意傘頭立起來）放在通風處，或使用食品乾燥劑，遠離溼氣重的地方。
以下是幹香菇的保存方法：
將幹香菇放在密封的袋子或罐子中，放在陰涼避風處保存，可以遠離溼氣重的地方，在適宜條件下可保存6至12個月。
對於沒有水分且較爲乾淨的幹香菇，可以用保鮮袋或保鮮盒裝起來，放入一些食品乾燥劑後密封保存，一些方法建議可以保存一年。
無論哪種類型的香菇，都建議不要冷凍保存，因爲冷凍後的香菇解凍後口感可能會有所下降。