馬偕醫院的故事可以追溯到馬偕醫生在台灣傳教的經歷。馬偕，1871年來到台灣，擔任台北醫學專門學校（現台北醫學院）校長，同時兼任台北救世堂醫院院長。他發現當時救世醫院管理混亂，病人擁擠不堪，設備簡陋，醫生醫術不高，護士護理技術更差，馬偕決定辭去校長職務，留在救世醫院親手創辦一所新醫院。
在他的影響下，教會人士對醫療事業給予了高度重視，由長老會籌集資金，由馬偕負責醫院設計、選址、建造。最終他們選擇了基隆河邊的一塊地作為新醫院地址。
馬偕帶領神學生赴日實習後回來主持開院，並親手制訂醫院的規章制度和管理條例。在他的不懈努力下，醫院從創建之初就形成了良好的醫療風氣，奠定了良好醫療管理的基石。在他的主持下，醫院發展成為擁有一個綜合門診部和一家住院病院的龐大建築群。馬偕醫院為台灣培養了大批醫術高超的醫生，對於台灣的醫療事業產生了深遠的影響。
馬偕也因此被譽為“台灣教會的柱石”。他曾被推為台北醫學專門學校校長和救世堂院長，併兼任台北醫學專科學校聯合會會長。他的精神和對台灣的貢獻得到了廣泛的認可和讚譽。
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