關於瑪雅人消失的原因，有多種理論，包括：
人口增長與資源枯竭。瑪雅人的人口在古典時期迅速增長，這導致了資源的高度緊張和環境的破壞。由於缺乏有效的資源管理和可持續的農業技術，加上連年乾旱，他們的農業基礎受到嚴重威脅，最終引發社會動盪和文明崩潰。
疾病傳播。在公元9世紀，外來人口的進入可能帶入了未知的疾病，這些疾病對瑪雅人來說是全新的，導致他們人口大量減少。
生態破壞。瑪雅人爲了農業發展，大量砍伐森林，破壞了當地的生態環境。隨着時間的推移，這種破壞導致了土地貧瘠和自然災害的頻發，進一步加劇了社會的動盪。
宗教和文化因素。瑪雅文明具有複雜的宗教體系和獨特的文化傳統。這些因素可能導致了社會內部的緊張和衝突，最終導致了文明的衰落。
外星移民說。雖然這種說法缺乏科學依據，但仍有一部分人認爲瑪雅人可能是外星人或其後代，這種觀點主要基於他們對天文曆法和數學的高度發達。
以上各種理論都有一定的依據，但具體原因可能仍是一箇未解之謎。