製作魚蛋的魚類選擇多樣，常見的有：
花鰱魚：也稱爲大頭魚或胖頭魚，肉質細嫩，適合製作魚蛋，且無刺，適合各個年齡段食用。
鯪魚：刺細肉脆，製作出的魚蛋、魚滑、魚餅口感爽滑彈牙，廣受人們喜愛。
鱸魚：肉質細嫩，含有豐富的蛋白質和不飽和脂肪酸，適合用來做魚丸子，使魚丸子的口感更加彈嫩。
鱈魚：肉質細嫩，營養價值高，但需注意在製作過程中添加適量油脂以增加口感和香氣。
草魚：肉質細嫩，味道鮮美，但需先去骨再製作成魚丸子。
羅非魚：肉質較硬，含有豐富的蛋白質和不飽和脂肪酸，適合用來做魚丸子，但同樣需要去骨。
龍利魚：肉質細嫩，味道鮮美，但由於價格較高，一般不適合家庭自制。
選擇魚類時，應優先考慮肉質白淨、脂肪油份好的魚類，如海水魚中的馬鮫魚、西刀魚，或淡水魚中的鰻魚、草魚、桂魚等。