黑枸杞的保存方法主要有以下幾種：
塑膠袋真空保存法。在塑膠袋中放入裝有生石灰的小痲袋，然後將去除雜質的黑枸杞放入塑膠袋中，烤封塑膠袋口，抽出袋內空氣，置陰涼處貯存。使用此法時，需要隨時檢查，防止漏氣，注意石灰的量應視黑枸杞的含水量和其他情況而定。
冷藏法。將黑枸杞裝入保鮮袋，然後置於冰櫃或其他冷藏設備中，在0至4℃的溫度下保存，這種方法簡單且實用。
霉變處理法。對於霉變的黑枸杞，可以將霉變的黑枸杞置於圓簸箕中，雙手將結塊者搓散，棄去嚴重變質者，噴淋適量白酒，濕潤表面白斑處，雙手搓除斑，反覆多次，直至無斑。然後用微火焙乾，並常用手輕搓翻動，使之散發水汽，出鍋過篩，然後密封保存。
此外，黑枸杞在保存時應注意防潮、避光、避高溫，並保持低含水量，如果生蟲了，可以曬乾並挑出蟲子，或者放入冰櫃冷凍以防生蟲。