黑毛藻的成因主要包括以下幾點：
水質因素。水質過髒，特別是氮（N）或磷（P）的不平衡，是促進黑毛藻生長的主要原因。pH值過高、硬度過大，或者水中的氨氮、硝酸鹽等含量過高，都會導致藻類大量繁殖。長時間不換水，導致養分積累，元素失調，也是爆發黑毛藻的一個主要原因。此外，魚缸里殘留的飼料和糞便堆積，魚兒密度太大產生的生理廢物，或者過濾能力不足導致水質不清潔，都容易導致黑毛藻快速繁殖。
水流因素。水流速度過快或過慢，都可能導致黑毛藻的過度生長。
光照因素。光照過強會增加藻類的繁殖速度。
水草狀態。水草沒有足夠的質量和體量，或者水草表現不佳，也可能導致黑毛藻的生長。
此外，二氧化碳添加不足、水體的硝化系統沒有建立完善、液肥組成不合理導致元素失衡、換水不夠規律或不換水或少換水等，也可能導致黑毛藻的產生。