清洗黑芝痲的方法有多種，這裡提供幾種比較常用的方法：
使用紗布。將黑芝痲倒在一塊大紗布上，揀去泥沙和雜物，提起紗布四角紮緊，放入盆中揉搓淘洗，換水清洗後，晾乾。
用水流沖洗。將黑芝痲裝在小布袋中（可用白紗布），用手輕輕揉搓，在水龍頭下沖洗，直至水清。或者使用濾網，將黑芝痲放在濾網中，調整水龍頭至合適水量，沖洗並晃動濾網，直至洗淨。
使用抹布。將抹布泡在水中，擰乾後撐在手上，倒入黑芝痲並包裹起來，繫緊後放入水中清洗，揉搓後晾乾。
使用紙巾。清洗後的黑芝痲平鋪在紙巾上，放在陰涼通風處晾乾。
在清洗過程中應注意：不要用手搓洗黑芝痲過猛，以免損傷芝痲；使用常溫水清洗以保留更多營養；黑芝痲遇水後會溶出花青素，水可能變棕紫色，這是正常現象。