黴菌菌絲是一種管狀細絲，通常具有以下形態和特徵：
結構。黴菌菌絲的直徑一般在2到10微米之間，比細菌和放線菌的細胞要粗幾倍到幾十倍。這些菌絲能夠伸長並產生分枝，許多分枝的菌絲相互交織在一起，形成菌絲體。
類型。根據菌絲中是否存在隔膜，黴菌菌絲可以分為兩種類型，無隔膜菌絲和有隔膜菌絲。無隔膜菌絲中不存在隔膜，整個菌絲體由一個單細胞組成，含有多個細胞核，主要見於低等真菌；有隔膜菌絲中含有隔膜，隔膜將菌絲體分隔成多個細胞，每個細胞內有一個或多個細胞核，常見於高等真菌。
特殊結構。為適應不同的環境條件和更有效地攝取營養，黴菌的菌絲可以分化成一些特殊的形態和組織，如假根（根霉屬黴菌的特化結構，用於固著和吸收養料）、吸器（某些寄生性真菌的特化結構，用於侵入寄主細胞內吸收養料）等。
菌絲體。在固體基質上生長時，部分菌絲深入基質吸收養料，稱為基質菌絲或營養菌絲；向空中伸展的稱為氣生菌絲，可進一步發育為繁殖菌絲，產生孢子。大量菌絲交織形成絨毛狀、絮狀或網狀等形態。
顏色和形狀。黴菌的菌落通常呈白色、褐色、灰色等，有時會產生色素使基質著色。菌落的特徵也是鑑定黴菌的重要依據之一。
這些特徵使得黴菌能夠在各種環境中生存並繁殖，形成多樣化的生物群體。