12306系統運行中遇到的問題主要包括系統運行緩慢、支付問題、退票問題等。
12306是在中國廣泛使用的火車票預訂系統，尤其在尖峰時段，大量的用戶訪問會導致系統伺服器負載過重，進而出現運行緩慢、頁面載入困難甚至崩潰的問題。用戶在嘗試購票或進行支付時，經常會遇到「正在處理中」的狀態提示，導致無法確認支付結果，此外，在退票過程中，用戶可能會遇到退款反饋延遲的問題。
相關部門已經採取措施，如增加伺服器數量、最佳化系統性能、改進支付流程等，以提高系統的整體運行效率和穩定性。然而，由於龐大的日均訪問量和複雜操作需求，技術壓力依然存在。官方也在不斷努力改進，以提供更順暢可靠的服務。