《2012魔導少年劇場版序章鳳凰巫女》是《魔法科高中的劣等生》的劇場版，講述了以下故事：
故事發生在風紀亂流中的魔法科高中，主人公十文字一輝與妹妹十文字雙瞳原本平凡的生活被捲入其中，他們目擊到了一場魔法科與非魔法科學生之間的紛爭，之後他們的命運也因此發生了巨大的轉變。十文字一輝的家族歷史開始浮出水面，其祖父曾因為不慎打破禁忌的鏡子而被毀掉肉體，如今在風紀亂流中亡命。在這個危險世界的一角，新一輝覺醒了自己的神秘能力。
這個故事發展為了一個情感深邃的故事，並且描述了世界黑暗面的開端。請注意，該劇場版的具體情節可能隨著新資料的出現而改變，如果需要獲取最新信息，建議參考官方資料庫。