3DS金手指的使用方法主要分為以下兩種：
Luma金手指。首先，確保3DS主機系統為自製系統最新版本；然後將金手指檔案放在記憶體卡根目錄下的cheats資料夾中（如果沒有這個資料夾，需要手動創建）；關機後，按住Select鍵和電源鍵開機，進入Luma界面，確保Enable game patching選項已被勾選（如果沒有，可能需要升級Luma版本）；開機後進入遊戲，按住L鍵、方向鍵下鍵和Select鍵打開Rosalina選單，選擇cheats（金手指）查看和選擇金手指。
NTR金手指。下載並安裝BootNTR和所需金手指檔案；將BootNTRSelector-FONZD-Banner.cia放入SD卡，並通過3DS安裝；安裝後打開BootNTRSelector，進行相應設定；啟動遊戲，通過「x+y」組合鍵呼出BootNTRSelector選單，選擇Game plugin進入cheat項目。
使用金手指時，建議先備份存檔。此外，某些金手指可能需要特定版本的Game plugin才能工作，因此可能需要進行一些調試。在使用過程中遇到問題，如金手指無效，可以嘗試在Rosalina選單中將Plugin Loader設定為Enable再試。遊戲結束後，應保存存檔並關閉金手指以避免數據損壞或當機。