《刺客信條》的故事背景設定在一個多元而錯綜複雜的世界裡，這個世界中充滿了各種神秘、傳奇、歷史和幻想。故事主要圍繞著兩位主角展開，一位是Abstergo公司的CEO兼聯合創始人艾倫·海勒（Ethan Hunt），另一位則是艾薩克的兒子雅各布·海勒（Jacob Hayter）。
在這個世界中，雅各布是一個受到聖殿騎士迫害的刺客家族的後裔。他的家族曾經是一個刺客組織，但因為和聖殿騎士的長期鬥爭而逐漸衰落。雅各布的父母在生下他後便不幸去世，他被送往孤兒院，隨後被艾倫·海勒收養。艾倫在成長過程中接受了刺客的訓練，成為了一名刺客大師。
故事的主線是聖殿騎士試圖利用祖先的力量來控制世界，而艾倫和雅各布則為了阻止他們而展開了一場驚心動魄的冒險。在這個過程中，他們需要穿越不同的歷史時期，包括文藝復興時期的義大利、法國大革命時期的巴黎、工業革命時期的倫敦等。他們需要與各種敵人進行鬥爭，同時還要解開一系列謎題和陷阱。
除了主線故事外，該系列還包含了許多支線任務和情節，涉及了不同時期的各種歷史事件和人物。這些任務通常與主線故事有著密切的聯繫，可以加深玩家對歷史背景和人物的了解。
此外，《刺客信條》還包含了許多宗教、哲學、文化、政治等方面的元素，這些元素為遊戲世界提供了豐富多彩的背景和情節。玩家在遊戲中可以了解到各種歷史時期的文化、宗教、政治等方面的知識，也可以感受到不同地區的風土人情和人文氣息。