《生化奇兵2：重製版》的故事發生在哥倫比亞城，玩家將扮演著兩兄弟中的弟弟，他們能在“焚化”中穿越到空中並欣賞城市中的美景，而城市中恐怖的怪異現象則源於“海德威爾”開發的生命液，但這個產品將引發無法想像的後果。此外，玩家還將面臨與女狙擊手斯達林的鬥爭，並發現她的出現是因為她想用“生命液”讓所有女人和兒童永遠保持青春，但也有一些反生命液組織與之鬥爭。在故事的最後，玩家需要做出一個重大的決定，這將影響遊戲的結局。
總的來說，《生化奇兵2：重製版》的故事有著深刻的人性探索和反烏托邦元素，同時還有著優秀的角色設計和背景故事。玩家在遊戲中將有機會體驗到一個充滿神秘和驚險的未來世界。