《穿越火線》（CrossFire，簡稱CF）的故事背景涉及多個不同的場景和衝突，主要包括：
朝歌遺蹟的衝突。救贖獵手和生化幽靈之間的鬥爭，女皇終結者帶領生化幽靈占領朝歌遺蹟，人類傭兵和幽靈獵手抵抗，出現了一位能將生化幽靈轉化為人類的未來科學家。
黑色城鎮的戰鬥。潛伏者試圖通過炸毀衛星接收裝置來削弱保衛者的力量。
沙漠中的軍火庫。阿爾伯特元首計劃摧毀鄰國秘密建設的軍火庫，以獲得戰爭優勢。
本羅山礦場的防禦。保衛者在此布下防線，抵抗潛伏者摧毀礦場的企圖。
潛艇基地的爭奪。保衛者製造的潛艇「庇護」號成為潛伏者試圖摧毀的目標。
特種部隊的派遣。拿魯國增派精銳部隊，保衛者暗中跟隨行動，潛伏者試圖阻止。
輸油管道的破壞。叛軍試圖炸毀輸油管道，引起國際憤怒，保衛者受僱阻止這一行動。
飛彈基地的部署。阿米肯國在沙漠中部署的飛彈基地，被敵對組織發現，面臨被摧毀的風險。
此外，還有關於美術爭霸的政治背景故事，涉及美國中央情報局特工艾里克摧毀某大國（蘇聯）在亞洲的六個軍事基地。這些故事背景展示了遊戲中的不同衝突和戰鬥場景，涵蓋了從古代遺蹟到現代軍事基地的多個時空背景。