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cibersort算法

CIBERSORT算法是一種基於基因表達數據的細胞類型分析算法,它通過去卷積技術來估計樣本中不同免疫細胞的相對豐度。該算法利用線性支持向量回歸的原理對免疫細胞亞型的表達矩陣進行去卷積,並提供了一個包含22種常見免疫浸潤細胞表達數據的參考集LM22。使用CIBERSORT進行免疫分析時,需要準備基因表達矩陣檔案和下載LM22檔案。算法的思路包括準備基因表達數據、基因表達矩陣的標準化處理、以及使用CIBERSORT函式進行去卷積分析。去卷積分析的優勢在於,它可以在不進行物理分離細胞的情況下,從大塊樣本中分解出細胞比例,且不需要抗體或活物質的情況下研究組織組成的詳細描述。