CS的故事背景主要圍繞著幾個世紀以來在神秘世界中尋求保護人類和防止混亂勢力蔓延的神秘組織（在CS的第一部作品《反恐精英》中並未直接說明）。故事圍繞著他們調查一群極富威脅力的破壞分子以及各種突變事件的發生。神秘組織的出現及經歷的一切異常事件的跡象使一些有著秘密研究的地方成為保護人們的首要任務，即包括追查邪惡生化武器的活動、被揭露出的隱蔽核實驗甚至政府被侵蝕的暗影，與此同時主角們的危機處理經驗也逐漸積累起來。
此外，在《反恐精英》中，它是以20世紀90年代末期為背景，描繪了一群擅長使用高科技的恐怖分子。而《反恐精英：零點行動》則將故事背景設定在《反恐精英》的未來，也就是2010年。同時，新增加了兩個新角色，並把地圖製作更新的方式做了全新的改變。
總的來說，CS的故事背景是一個充滿神秘、危險和危機的故事，主角們需要不斷地應對各種威脅，保護人類和世界的安全。同時，它也包含了一些科幻元素和恐怖分子的描繪，使得故事更加豐富和有趣。