DNA Marker的主要作用包括：
作為分子量標記：在DNA分子凝膠電泳中，DNA Marker用於代表DNA的長度，幫助科研人員通過與樣品條帶的對比，粗略估算樣品DNA的分子量大小及其在溶液中的濃度。
檢測瓊脂糖凝膠的問題：在DNA分子凝膠電泳時，DNA Marker被用作加樣對比，以檢測瓊脂糖凝膠是否存在問題。
確定最佳凝膠濃度：通過觀察DNA Marker的分散情況，科研人員可以確定進行電泳時所需的最適瓊脂糖凝膠濃度。
製備自定義的DNA Marker：如果手頭有序列清晰的載體，可以通過PCR方法獲得一系列不同大小的片段，從而自製DNA Marker。
套用於多種研究領域：除了在分子生物學實驗中的套用，DNA Marker還可以作為特定區域的DNA基因標記，用於疾病診斷、系統發育、DNA條形碼描繪、植物育種、株系鑑定等多種研究。
綜上所述，DNA Marker不僅是分子生物學實驗中的關鍵工具，也是進行各種生物學研究的重要輔助手段。