DQ6故事主要包括以下部分：
1. 艾蓮內戰：與戰鬥種族王子的試煉中獲勝的萊娜帶著魔獸水晶逃離艾蓮教的控制，同時聯合拉爾夫、塔奧、雪倫，打算對抗那個少年一行，世界似乎因此開始燃燒起來。
2. 另一位騎士的記憶：甦醒的勇者開始講述他和利茲過去冒險的記憶，這冒險中，他們在迷失森林與三位魔女締結了契約。這契約涉及尋找艾蓮境內唯一能夠拯救王國、治癒魔獸不死身的“神水”的存在。
3. 繼承力量：隨著密密拉拉村事件之後萊娜帶著主人公逃進阿邦斯特恩宮殿之中去保護最後的水源—被封閉在水晶之里的水流去抵禦因火山地獄裡打開加奧來利全滅的洪水來臨的時候遇到了尋找不死藥的達爾克爾兄弟發現了自己的目標都是成為拉奧利姆進而相互爭奪並且更加引導別人成為此目標追求的目標和三位魔女締結契約得到了四精靈力量的王者以及隨同利茲四人聯盟分出兩頭守護的永恆火山的爆發用實力而驚呆了幾位兄長隨後他的秘密因這個火焰被人知曉主人公覺得一直跟隨一個魔王對自己的人生是沒有好處的為了獨立而不順從跟隨王子的夢想和對那位少年產生了共鳴，隨後與利茲等人分道揚鑣。
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