製作EM菌液的材料包括淘米水、糖蜜、牛奶和一個乾淨的空瓶子。首先，將過期的牛奶和淘米水倒入瓶中，淘米水最好使用新鮮的礦泉水以避免雜菌污染。然後，加入糖蜜，大約15毫升的量，如果沒有糖蜜，可以用紅糖代替，但糖蜜的營養價值更高。最後，加入足夠的清水，以便於觀察分層情況。將瓶子放在陰涼避光的地方，避免陽光直射。
第二天打開瓶子，可以觀察到液體已經開始分層，這是因為牛奶已經過期，且所有容器都經過消毒處理。上層是凝乳，需要用勺子取出，下層是清澈的乳清，含有豐富的微生物菌群。將乳清倒出即可完成EM菌的製作。為了更好地儲存EM菌原液，建議進行多次過濾。首先，粗略過濾掉大塊凝乳，然後靜置片刻。再次使用乾淨的瓶子和漏斗，用棉花塞過濾掉剩餘的凝乳，進行精細過濾。過濾後的EM菌原液需要培養一個星期左右才能使用。如果過濾速度變慢，可以更換棉球繼續過濾，直到分層清晰。最後，小心地將上層清液倒入漏斗中，進行更細緻的過濾，以確保EM菌液的質量。