EMSA（電泳遷移率變動分析）是一種用於研究蛋白質與核酸（如DNA或RNA）相互作用的技術，廣泛套用於生物學和醫學研究中。其基本原理是基於蛋白質與核酸分子結合後，會增加核酸分子的有效分子質量，從而影響其在凝膠電泳中的遷移速度。具體來說，當蛋白質與核酸形成複合物時，這種複合物的分子量比單獨的核酸分子要大，因此在凝膠電泳中移動得更慢；而沒有與蛋白質結合的核酸片段則移動得更快。
在EMSA實驗中，通常使用32P同位素標記的DNA或RNA探針，這些探針與純化的蛋白或細胞提取物一起孵育，然後在非變性的聚丙烯醯胺凝膠中進行電泳。通過這種方式，研究者可以觀察到蛋白質-核酸複合物的形成，並據此分析蛋白質與核酸的相互作用。此外，EMSA實驗還可以通過競爭實驗來進行最佳化，使用特異性和非特異性的DNA或RNA片段來進一步證實蛋白質與核酸結合的特異性。
總的來說，EMSA是一種強大的工具，能夠提供關於蛋白質與核酸相互作用的關鍵信息，包括識別特定的蛋白質-DNA或蛋白質-RNA複合物，以及這些相互作用在生物學過程中的潛在作用。