FAT檔案系統的最大容量隨著其版本的不同而變化，FAT16的最大容量為2GB，FAT32支持的最大檔案傳輸大小為4GB，而FAT64（未廣泛使用）支持的最大容量可達16EB。具體如下：
FAT16。這是較早期的檔案系統，最大支持2GB的磁碟容量。
FAT32。它突破了FAT16對每個分區容量只有2GB的限制，可以支持最大到2TB的分區。
FAT64。這是理論上的版本，支持的最大容量可達16EB，但實際使用中並未廣泛見到。
此外，對於超過FAT32限制的大檔案，可以使用分割命令將檔案分割成幾個小檔案進行傳輸。