《最終幻想 7》的故事發生在虛構的彌賽亞平原，這裡原本是一個被神（神羅）壓迫的小鎮。主角克勞德，是一個在神羅服務了多年的僱傭兵，由於工作的原因，他背負著沉重的過去。故事的主要情節圍繞著主角克勞德和他的夥伴們，他們為了拯救彌賽亞平原，與強大的敵人展開了鬥爭。
故事的主線包括三個主要的戰役部分：
1. 第一部分：主角們要對抗的是神羅的軍部（NERV），這是由各種有矛盾和利益衝突的人組成的組織，他們的目標是製造“最終武器”啟動彌賽亞的核反應，摧毀所有的城市。
2. 第二部分：當主角們破壞了NERV並阻止了核反應後，他們的任務並未結束。因為克勞德和蒂法被捲入一個事件後引發了當地的傳說人物和幻影（三英雄），需要克服和恢復自己關係而成長的問題。與此同時，敵方陣營——原反抗軍的組織遭受重大傷亡，使得組織規模越來越小。敵人由二大公會以及黑色沙漠聯盟來擔當主要代表繼續針對玩家所代表的陣營發起戰爭，該部分的目的是打破這一反派組織達成達成永恆結局的目的。
3. 第三部分：本部分的反派薩菲羅斯不在支持原反抗軍的組織和原神羅和尋找平衡與出路的曙光城鎮們通過威逼手段或者更加容易到達統一的方法聯合一起保護平原秩序的過程中互相戰爭受損害的主角（瑞秋的結識）（甚至發展成為好朋友）。 此時在傑內西斯死後利用網路遊戲的復活事件利用眾多虛假宣傳從而招集來各地的神羅機器人開始襲擊玩家的遊戲。由於面對機器和被原反抗軍重創的人型與巨人部隊不得不向菲拉古和烏爾薩發起了反抗從而解散軍部的聯合戰線重新分為了數個派系而解放並能夠到屬於自己的結界之地中安心生活與幫助本地平民一同去實現永遠勝利。
總的來說，《最終幻想 7》的故事是一場關於成長、勇氣和愛情的故事，主角們不斷克服困難，最終實現了自己的成長和救贖。同時，遊戲中的戰鬥、角色和環境設計也成為了故事的重要組成部分。