Java檔案可以保存在本地計算機的檔案系統中的任何目錄，也可以保存在遠程伺服器上。默認情況下，Java檔案通常保存在開發者能夠方便找到它們的路徑中。如果是在Java程式中生成檔案，那麼默認情況下會保存在`user.dir`路徑下，這是JVM的系統屬性，可以通過`System.getProperty("user.dir")`獲取。`user.dir`表示當前工作目錄，即Java程式啟動時所在的目錄。
Java Development Kit (JDK) 的安裝路徑通常包括以下幾個目錄：
`bin`目錄：存放編譯和運行Java程式的執行檔。
`lib`目錄：存放Java的類庫檔案。
`jre`目錄：存放Java運行環境檔案。
在配置Java環境變數時，需要將JDK的安裝目錄添加到系統變數中，例如`JAVA_HOME`，並將`JAVA_HOME\bin`添加到`Path`系統變數中，以便在系統的任何地方都可以運行Java程式。