《Little Busters! EX》的攻略流程涉及多個角色線路，每個角色線路都有不同的劇情和結局。以下是攻略流程的概述：
詢問「你知道世界的秘密嗎？」時選擇「否」，需要先完成原版《Little Busters!》的所有線路。完成後才能攻略新加入的三名女主角。
詢問「你知道世界的秘密嗎？」時選擇「是」，可以直接攻略新加入的三名女主角。
攻略順序對遊戲結局沒有影響，但某些角色的END需要先完成其他角色的線路。例如，要進入棗鈴的END2，需要先完成所有其他女主角的線路。
迷你遊戲和戰鬥排位賽是可選的，不影響主線劇情。
具體到角色攻略，以下是一些關鍵步驟：
二木佳奈多線。有一個True End和一個Bad End。
笹瀨川佐佐美線。有兩個True End（區別在於是否有H Scene）和一個Bad End。
朱鷺戶沙耶線。有三個End，包括通常理樹線和笨蛋理樹線共享的True End、笨蛋理樹線的BAD End。
棗鈴線。第一次攻略會是BAD End。完成BAD End和其他女主角的線路後，可以開啟棗鈴的END1。完成棗鈴的END1後，可以開啟Refrain線，進入棗鈴的END2和Little Busters!的True End。
其他角色線。包括神北小毬、三枝葉留佳、能美·庫特莉亞芙卡、來谷唯湖、西園美魚等，每個角色線都有各自的True End和BAD End。
此外，完成一次Refrain線後，可以開啟學園革命篇，其中包含SchoolRevo End。