mcode算法

MCODE算法是一種用於挖掘蛋白質網路中蛋白複合體或功能模組的網路聚類算法。它全稱為molecular complex detection，是當前廣泛使用的算法之一。在cytoscape軟體中，提供了一個MCODE外掛程式，使得用戶可以方便地對網路進行聚類分析。該算法通過識別網路中的密集連線區域來發現複雜的結構，這些區域通常對應於生物網路中的功能模組或複合體。MCODE通過最佳化一個得分函式來識別這些模組，該函式考慮了節點之間的連線密度、共享鄰居的數量以及節點的度數等因素。