使用Mega石的方法如下：
打開揹包，選擇Mega進化石X或Y。
對想要進化的精靈使用該Mega石。
Mega進化後，精靈的形態、圖形和能力值都會改變。Mega進化可以一直存在，例如噴火龍可以進化爲M噴火龍X形態或M噴火龍Y形態。
某些精靈只支持一種形態，比如妙蛙花只有X形態。
在《我的世界》中，使用Mega進化石的方法略有不同：
擁有Mega手環。
將對應的Mega石給要Mega進化的口袋妖怪佩戴。
在戰鬥選擇技能時，會有一箇Mega進化選項，先選中它，再選擇要使用的技能，就可以進行Mega進化了。
在《口袋妖怪綠寶石802版》中，使用Mega石的步驟爲：
先登記mega手環。
讓精靈攜帶mega石。
戰鬥時，直接點擊戰鬥，進入選技能畫面。