《Metal Gear Solid 4: Guns of the Patriots》（以下簡稱MGS4）的故事發生在前作故事線後二十年，地球被機械生命體Nepos和人類共存的世界，講述了一個名為“蛇”的組織的反叛分子試圖推翻世界政府的陰謀。主角Big Boss在故事中是“蛇”組織的領袖，他與政府軍展開了鬥爭，同時還要面對其他反叛分子的挑戰。
在故事中，Big Boss結識了名為“Solid Snake”的年輕士兵，Solid Snake在任務中身亡，但他的記憶被Big Boss繼承。在經歷一系列事件後，Big Boss逐漸認識到自己的孤獨和組織的黑暗面，他試圖解散組織並重新開始生活。然而，由於政府軍和反叛分子的威脅，他不得不再次挺身而出，為和平而戰。
此外，MGS4的故事還涉及到許多其他角色和事件，包括前作中的一些角色和虛構的組織，以及一些神秘的人物和事件。整個故事充滿了懸念和緊張刺激的戰鬥場面，同時也有一些感人至深的情感元素。玩家需要扮演Big Boss，通過一系列任務和戰鬥來揭開真相和解決危機。
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