《捷運：最後的曙光》的故事發生在莫斯科，遊戲的主角是阿爾喬姆，他是在前作的戰爭中唯一倖存下來的人。為了生存下去，阿爾喬姆與一幫同伴輾轉在城市的廢墟之中。然而在經過了各種慘烈的戰鬥之後，同伴們一個接一個的死去，最終只剩下了阿爾喬姆一個人。而他最後也因為失血過多而病倒在廢墟之中，幾乎快要死去。然而在這時，主角又發現了一個新的危機，那就是一種叫做“吞噬者”的變異人種正在逼近，而主角已經無力反抗。在這種情況下，主角被送到了“工廠”接受治療和休養。
故事最後的結局是阿爾喬姆通過不斷的戰鬥和艱苦的努力，最終戰勝了所有的困難和挑戰，成為了一個真正的戰士和領袖。他帶領著倖存者們逃離了莫斯科，走向了新的生活。這個故事不僅展示了主角的成長和變化，也反映了人類在極端環境下的生存能力和堅韌精神。