《NDS火影忍者RPG2》的攻略如下：
故事模式。首先控制NARUTO到第二個黃點處，途中能撿獲道具，還有會遇到敵人，然後就是使用凱vs鬼鮫，戰勝後SAVE，進入下一話。第二章是卡卡西對迪達拉，注意迪達拉的黏土炸彈和卡卡西的連招，還有卡卡西的必殺（萬花筒寫輪眼）的威力。第三章無戰鬥，對話後SAVE，進入下一話。第四章對話後，回到木葉，會在地圖上看到2個紅點，走上面那個的話，就直接SAVE，進入下一話；走下面那個，再根據地圖指示走，會遇到手鞠，對話後，出村子，到下一黃點就行了，見到手鞠，回到村子，和手鞠對2次話，出村子，收集8個發光的物品，收集完8個後，回到村子，再去和手鞠對話，就能使用鼬和鬼蛟了。
遊戲操作。十字鍵移動，A確定，B取消，X跳躍，Y重功擊，L逆時針轉動視覺，R順時針轉動視覺，SELECT和START為暫停/選擇鍵。
此外，遊戲模式還包括單次遊玩模式、與電腦對戰模式、生存模式和通信對戰模式等。