RAPD（Random Amplified Polymorphic DNA）技術的原理基於PCR（聚合酶鏈式反應）技術。該技術使用一系列隨機排列的寡聚核苷酸單鏈（通常為10聚體）作為引物，這些引物與基因組DNA序列有特定的結合位點。
在進行PCR擴增時，如果基因組在特定區域內發生了DNA片段的插入、缺失或鹼基突變，可能會導致這些特定結合位點的分布發生相應變化，從而影響PCR產物的數量、存在與否或分子量的大小。通過瓊脂糖電泳或聚丙烯醯胺電泳分離擴增產物，並經過染色或放射性自顯影檢測，可以觀察到不同大小的DNA片段，形成獨特的DNA指紋圖譜。這些圖譜反映了基因組相應區域的多態性，可用於分析基因組的多樣性、種系發育關係，甚至進行微生物的分型。
RAPD技術與常規PCR的主要區別在於引物的隨機性，這使得RAPD可以檢測到基因組中未知遺傳位點的多態性。雖然單個引物檢測的基因組區域有限，但通過使用一系列不同的引物，可以覆蓋幾乎整個基因組，從而實現對整個基因組DNA的多態性檢測。