去除rRNA是RNA測序過程中的一個重要步驟，因為rRNA是基因組中高度豐富和保守的成分，不為轉錄組學研究提供有用的信息。通過去除rRNA，可以更準確地表示真實的轉錄組，改進低表達或稀有轉錄本的檢測，並減少計算要求。此外，rRNA去除還有助於研究非核糖體的非編碼RNA，這些RNA在各種生物過程中可能發揮重要作用。
去除rRNA的方法主要分為兩大類：
濕實驗方法：
使用核糖體rRNA去除試劑盒或rRNA特異性探針來去除rRNA。例如，北京啟衡星生物科技有限公司的SP-ribo-Pools試劑盒通過DNA探針雜交捕獲rRNA，再用鏈霉親和素磁珠吸附去除的方法來去除rRNA。這種方法可以高效去除細胞質及線粒體中的rRNA，驗證結果顯示rRNA去除效率超過98%，並且在生物學重複之間展現極好的重複性。
生物信息軟體方法：
當已經有現成的轉錄組或宏轉錄組數據時，可以使用生物信息軟體來檢查並去除rRNA，以減少噪音並提高數據的準確性。
需要注意的是，雖然Oligo dT磁珠富集mRNA是一種常用的方法，但它僅適用於具有polyA尾巴的真核生物，不適用於原核生物提取mRNA。此外，這種方法對RNA完整度的要求較高，降解造成的polyA尾斷裂的mRNA則無法被富集。因此，在去除rRNA時，應根據研究物種的rRNA序列設計特異性的雜交探針，並選擇適合的方法進行去除。