《星際爭霸II》的故事發生在艾爾星（Protoss、Zerg和terran的家園）上，主要講述了三個種族間的恩怨情仇。
Protoss（神族）曾是星際間的三大種族之一，他們有著先進科技和強大的靈能，具有建立超光速宇宙航行的能力。Protoss曾因為這種力量而繁榮昌盛，直到一場無情的戰爭毀滅了他們的家園。
Zerg（蟲族）則是一種生物型種星際種族，主要通過寄生和進化來擴張自身勢力。他們在星海中默默蟄伏，伺機而動，一旦進入星靈的母星，他們就會進行一場席捲整個宇宙的侵略。然而他們的行動並非一帆風順，還引發了自身社會內部以及與異蟲老巢勢力的糾葛。
最後就是 Terran（人類），原本的人類社會在一波又一波的戰爭中土崩瓦石，所剩無幾。但是其科技水平和社會組織形式都比以前更加完善。他們在戰爭的黑暗之後嶄露頭角，藉助資源開採和礦業貿易恢復了經濟實力和科技水平，並重新掌握了星際航行的能力。在戰亂之後的新世界中，人類社會在相互牽制和衝突的種族角逐中崛起。
在《星際爭霸II》中，玩家將扮演三大種族的其中之一，體驗這個充滿競爭、合作、冒險和戰爭的世界。遊戲有多個戰役關卡和各種任務，玩家可以根據自己的喜好和種族特點選擇合適的戰術進行戰鬥。