《怪奇物語》第二季的故事圍繞著一個小女孩的失蹤事件展開。在這個80年代的小鎮上，一群小男孩和小女孩開始尋找他們消失的朋友，在這個過程中，他們發現了一個驚人的秘密：這個小鎮上隱藏著一個巨大的秘密實驗室，科學家們在實驗室里使用了許多極端的科學實驗方法，企圖找到這個失蹤女孩，並在研究過程中引發出了一連串事件。
隨著故事的展開，劇中的人物逐漸揭開了更多與神秘事件有關的情節，如小11的身體突然產生力量，物體時間加速變化等等超自然現象。此外，還有一些可能存在反轉元素的角色之間的情感線也在該季度中被推向了高潮。
總的來說，《怪奇物語》第二季的故事情節充滿了懸念和驚險刺激的場面，同時也展現了人物之間的情感糾葛和成長。