"Watch Dogs 2"的故事主線圍繞著主角康納·“肯”·麥克阿瑟（Connor "Kane" McArthur）展開。在遊戲中，肯是一個孤兒，在黑道環境中長大，有著極高的黑客技能。為了擺脫自己的過去並改變底特律的現狀，他與一個名叫莉娜·狄克遜（Layla Dixon）的女性黑客聯手，一同解決各種城市中的問題。
此外，遊戲中還有一些其他關鍵角色和故事線，如底特律的各個派系、政府機構、犯罪組織等，以及他們對城市和市民的影響。遊戲中還涉及了一些政治、經濟和社會問題，如貧富差距、科技發展、隱私權和黑客活動等。
然而，這只是一個大致的概述。遊戲中的故事線非常豐富，有許多不同的分支和選擇，玩家可以通過自己的方式來體驗整個故事。