作畦是指用土埂、溝或走道分隔成的作物種植小區，有利於灌溉和排水。作畦的目的是便於灌溉和排水，應根據藥用植物的生長特性、地勢高低和當地降水情況決定畦的類型。畦的類型可分為低畦、平畦、高畦三種：
低畦：畦面通常比走道低10-15cm，便於蓄水灌溉。在地下水位低的乾旱地區或喜濕的藥用植物多採用低畦。
平畦：畦面和走道相平。便於引水澆灌。適用於栽培要求土壤濕度大的藥用植物以及風勢猛烈、地下水位低、土層深厚、排水良好的地區。平畦保水較好，但易積水，應注意排水。
高畦：畦面通常比畦溝高10-20cm。高畦畦面暴露在空氣中的土壤面積較大，水分蒸發量多，致使耕層土壤含水量適宜，地溫較高，適合種植喜溫植物。
畦的方向以南北向較為合適，植物受光均勻，利於生長發育，尤其是喜陽植物。在北風強烈的地區，為避免兩側植物受害，可採用東西向。在山坡或傾斜地段上，作畦應與坡向垂直，等高開行作畦或做成梯田，以減緩坡度，減少水土流失，利於保持水分和養分。