分子標記是在分子生物學和生物化學領域中使用的一種技術，它涉及到可遺傳的並能被檢測到的DNA序列或蛋白質。
廣義上，分子標記指的是那些可以反映個體或種群間基因組中某種差異的特異性DNA片段或蛋白質。狹義上，分子標記主要指的是DNA分子標記，這些標記能夠反映出生物個體或種群間基因組中的某些差異特徵，如鹼基的突變、缺失、插入、易位、倒位或重複序列的不同等。
分子標記技術通過與目標DNA分子結合或連線，幫助科學家追蹤和檢測特定的分子，以了解其存在、分布和功能。這一技術在遺傳圖譜的構建、基因定位、物種鑑定、基因多樣性研究等領域有著廣泛的套用。