南京的日料餐廳眾多，各有特色，其中一些備受推崇的包括：
米店。位於釣魚臺深處，以其清爽的梅子茶泡飯和北海道土豆餅聞名。
逆鱗。位於國創園，以其壽喜鍋和小番茄肉卷受到顧客喜愛。
原田新料理。位於碑亭巷，提供生拌牛肉片和烤鵝肝壽司。
千與千尋。位於羲和廣場，以萬古燒鰻魚飯著稱。
鮨一。提供懷石料理和會席料理，人均消費1382元。
鮨極。提供Omakase形式的日料，人均消費1640元。
水之惠。提供面向普通大眾的日料，人均消費245元。
坂亭府。提供鐵板燒等日式料理，人均消費822元。
此外，還有魚四季創作日本料理、本湖月日本料理、煙花·爐端燒等，各有特色，提供豐富的日本料理選擇。