南京擁有多家航空公司及其基地，其中包括：
中國東方航空公司：在南京祿口國際機場設有基地。
中國南方航空公司：在南京祿口國際機場設有基地，是南京最大的航空公司之一。
山東航空公司：在南京祿口國際機場設有基地。
四川航空公司：在南京祿口國際機場設有基地。
吉祥航空公司：在南京祿口國際機場設有基地。
江蘇航空公司：總部位於南京祿口國際機場，是南京本土的航空公司之一。
龍江航空有限公司：原為黑龍江的本土航空公司，於2021年2月遷至江蘇南京溧水區，成為南京首個本土的航空公司。
江蘇京東貨運航空有限公司：以南通興東國際機場為主運營基地機場，經營國內國際航空貨郵運輸業務。
這些航空公司的存在，不僅提升了南京祿口國際機場的航班作業能力和服務水平，也為南京市民和遊客提供了更加豐富的航線選擇。