鑽心蟲的防治方法主要包括：
物理方法。使用有韌性的鋼絲插入樹洞，清除裡面的幼蟲，這種方法適用於能夠物理清除幼蟲的情況。
農藥防治。使用農藥進行防治，將農藥用棉簽蘸取後放入樹洞，由於農藥具有揮發性，可以向上蒸發，從而殺死幼蟲。還可以使用特定的殺蟲劑，如高氯鉀鈉鹽或氯蟲高氯氟微囊懸浮劑等，根據不同的農作物和蟲害類型選擇合適的殺蟲劑。
抓住關鍵時期。鑽心蟲的防治關鍵在於早期控制，特別是在幼蟲期，因為此時幼蟲尚未形成保護性的外殼，更容易被殺滅。
選擇具有內吸性的殺蟲劑。一些殺蟲劑具有內吸性，能夠被植物吸收並在體內保留較長時間，這樣可以更有效地防治鑽心蟲。
此外，在鑽心蟲被清除後，為了防止其他害蟲再次侵占樹洞，可以使用石頭等材料堵住洞口。