尹姓是一個多民族、多源流的姓氏，最早可追溯至上古五帝時期，主要起源包括：
少昊的後代。少昊是遠古時期羲和部落的後裔，古代東夷族的首領。少昊之子殷執掌工正，被封於尹城，後代子孫因此以尹為姓。
源於西周的作冊尹佚。尹佚也稱史佚，他在西周滅亡後跟隨周平王東遷，獲得了封邑，稱為尹邑（今河南宜陽、新安附近），屬於周王朝的畿內國。公元前516年，尹國兵敗滅亡，國人遂以「尹」為姓。
源於兮甲，即以官為氏。兮甲，字伯吉甫，是周宣王的中興大臣，因其赫赫戰功，周宣王封他為「師尹」，其後代以尹為姓。
源於少數民族漢化。包括蒙古族、滿族、錫伯族等在內的多個少數民族中，有漢化為尹姓的人。
此外，還有說法提到源於羋姓，始於《史記·楚世家》中提到的楚國祖先的姓。還有一種說法是出自伊姓，即商代初年相國伊尹的後代中有以官職尹為姓的。尹姓的發源地主要包括今河南省宜陽縣西北、新安縣東南一帶，以及山西省顯縣東北地區。隨著歷史的發展，尹姓在全國各地廣泛分布。