在中國，微生物研究所的排名可以從以下幾個方面進行概述：
中國科學院微生物研究所。在微生物研究方面水平相當高。
武漢病毒研究所。也是中國科學院的，專長在病毒研究，是病毒研究領域的佼佼者。
武漢大學。在大學中，其微生物研究絕對是一流的。
江南大學。在微生物的發酵方向無人能敵。
山東大學。在微生物發酵及理論方面有顯著成就。
華中農業大學、南京農業大學、中國農業大學。這三所農業院校在微生物研究方面都有不錯的表現。
中山大學。在微生物生物防治方面表現突出，擁有國家生防重點實驗室。
雲南大學。在放線菌研究方面領先，擁有國家放線菌研究重點實驗室。