《忍者必須死3》中的技能種類豐富，每個角色都有自己獨特的技能。以下是一些角色的技能介紹：
小黑。其技能是「火龍炎彈」，能夠召喚三個火球追蹤攻擊目標，並在面前形成火焰旋風。
阿力。其技能是「烈雷爆丸」，能夠凝聚雷之力，製造一個不穩定的巨型雷球，並在一段時間後爆炸。
玉狐琳。其技能是「冰天雪葬」，能夠製造一個極寒領域並召喚暴風雪。
蒼牙。其技能是「魔風鬼輪」，能夠高速旋轉手裏劍進行攻擊，並可以用來保護自己或追擊敵人。
小椒。其技能是「百烈鳳炎」，能夠以腿法踢出大量烈焰火球，並最終踢出一個大型火球摧毀前方障礙。
此外，遊戲中的忍階系統也會影響可解鎖的技能。提升忍階可以解鎖更多功能和參與更激烈的戰鬥。