《拳皇XIII》（KOF XIII）的故事發生在距離前作數十年後的世界，時間設定為KOF97後的第四年。
在這個KOF97四十年後的新故事裡，這個世界不再有格鬥家這一概念，成為了和普通人一樣生活工作。只有一種人除外，那就是具備對"負面情緒"的超感知能力的孩子，他們可能會因為這一能力被濫用而陷入無盡的爭鬥。在經過長達數十年的狩獵和逃避中，他們變得極度恐懼。人類開始對他們視而不見甚至列為種族公敵。政府因此得以統一管控這些具有超能力的孩子。他們的能力被稱為「夜行」以及他們所在的地方被稱為「異空間」。儘管曾經都是傳說一般消失的存在，但還是有些人決定救出所有在忘卻中被埋葬的記憶中的英雄們，再次組織起一場KOF大會。故事的主人公是主角隊（草薙流古武術）的草薙素子、以及來自遙遠彼海的神秘格鬥家安迪·博加德和吉斯·霍華德。
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