日本三大同人奇蹟指的是以下三部作品：
東方Project：由日本同人遊戲社團上海愛麗絲幻樂團製作的系列同人遊戲，最初是一款彈幕遊戲。東方Project以其豐富的角色設定和深入的文化影響，成為了同人創作領域的佼佼者。其特色包括多樣的遊戲類型、豐富的角色設定以及廣泛的二次創作。
寒蟬鳴泣之時：這款文字遊戲以其多結局模式和主線劇情的緊密結合而受到讚譽。故事發生在遠離都市的山中小村雛見澤，講述了主角前原圭一和其朋友們的無限輪迴故事。寒蟬鳴泣之時不僅在遊戲界獲得成功，還被成功動畫化，保留了原作的特色。
月姬：型月名作之一，以其獨特的故事設定和角色塑造而聞名。月姬的成功不僅體現在其故事敘述上，還包括了其音樂和文學方面的貢獻，成為同人界的一部重要作品。
這三部作品共同構成了日本同人文化的重要組成部分，它們不僅在遊戲界取得了顯著成就，也在動漫、文學等領域產生了深遠的影響。每部作品都有其獨特的魅力和貢獻，共同被譽為「日本三大同人奇蹟」。