林肯被暗殺的原因是多方面的。首先，林肯廢除了阻礙社會發展的黑奴制度，統一了南方，使國家強大而獨立。然而，他宣佈了南方在戰爭中所負的戰爭債務全部一筆勾銷，這忽略了在戰爭中一直爲南方提供巨大錢財支持的國際銀行家們，使他們損失慘重。其次，林肯被身邊的朋友出賣，有內奸在身邊僞裝成朋友，但這個內奸到底是誰，卻一直無沒有揪出來。最後，林肯自己太大意了，對“人性險惡”過於忽視。當他一箇人去看戲院看戲時，被那些策劃許久的陰謀家們，逮住了機會，幾乎沒費什麼周折，就把他給槍殺了。
具體到刺殺事件，兇手是約翰威爾克斯·布思，他是南方的一箇演員，據說是不甘失敗的南方奴隸莊園主們派去的。他趁總統保鏢離開之時，悄悄溜到總統包廂開槍擊中了林肯。這個組織曾經在華盛頓的一所公寓密謀了綁架林肯以交換南部被俘戰士的計劃，但這些計劃都像其他許多陰謀一樣，毫無結果。林肯被刺的前兩三天，布斯幾乎天天酩酊大醉，他以前的那個陰謀組織支離破碎，只剩下佩因、赫羅爾德和阿茨羅德了。當布斯進入包廂後，他平靜地把槍瞄準了林肯的左耳和背脊之間……共開槍8次，林肯被擊中6次，其中5次擊中要害。